In 2004 werd door de generale synode van de Hersteld Hervormde Kerk, naast diverse andere commissies, de commissie Jeugdwerk HHK ingesteld. De commissie Jeugdwerk HHK is derhalve een orgaan van bijstand van de generale synode. De wijze van instellen van een commissie van bijstand en de verantwoordelijkheden en bevoegdheden zijn vastgelegd in de kerkorde.
Duidelijk vastgelegd in de kerkorde is dat de commissie Jeugdwerk HHK geen onafhankelijk beleid voert maar werkt in opdracht en onder leiding van de generale synode. De generale synode benoemt de commissieleden en ook de aanstelling van een jeugdwerkadviseur moet goedgekeurd worden door de Generale Synode. De commissie legt vervolgens periodiek verantwoording af aan de generale synode.

De commissie Jeugdwerk wordt gevormd door:

Omdat de Generale Synode driemaal per jaar vergadert, wordt regelmatig overleg gevoerd met het breed moderamen van de generale synode. Diverse aangelegenheden worden daar (voor)besproken. De aangestelde jeugdwerkadviseurs werken vanuit het kerkelijk bureau te Veenendaal. De directeur van het kerkelijk bureau fungeert als (door het breed moderamen gedelegeerd) werkgever.
Voor het uitvoeren van het werk binnen de gemeenten fungeert de HHJO. De HHJO werkt onder verantwoordelijkheid van de plaatselijke kerkenraden en binnen het mandaat van de generale synode. Het bestuur van de HHJO wordt gevormd door de commissie Jeugdwerk HHK.